Les agriculteurs peuvent répondre aux défis de l'efficacité technique, de l'autonomie productive, de la rentabilité économique et de la durabilité environnementale, grâce à l'adaptation d'innovations agro-écologiques au sein de leur système d'exploitation. Le processus d’innovation en agro-écologie débute par l’utilisation de techniques d'optimisation des ressources disponibles, comme la mise en œuvre d’un pâturage tournant dynamique ou l’implantation progressive de systèmes de cultures sous couverts végétaux sans labour, adaptées aux contraintes locales (climat, sols, biodiversité cultivée) et aux moyens de productions disponibles (terre, travail, équipements et capital).

L'innovation initialement adoptée implique souvent un changement de réflexion de l'agriculteur sur le fonctionnement global de son exploitation. La recherche de cohérence engagée, qu'elle soit agronomique, énergétique, environnementale ou économique influence une évolution progressive des composantes et des pratiques de gestion du système de production. 

Innov-Eco² se propose d'accompagner les agriculteurs, leurs techniciens et leurs organisations dans le cheminement qui méne de l'adaptation à l'adoption de multiples innovations agro-écologiques sur les exploitations, au travers d'actions de formation, d'accompagnement et d'échanges techniques et d'ingénierie de projet.